Mühendislik Fakültesi 1969 yılında Ege Üniversitesi’ne bağlı olarak Mühendislik Bilimleri Fakültesi adıyla eğitime başlamıştır. 1982 yılında İnşaat, Makina, Yer Bilimleri Fakülteleri kaldırılarak bu Fakültelere bağlı Bölümlerle Güzel Sanatlar Fakültesi’nin bazı bölümleri tek fakülte altında birleştirilip Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi adıyla, Dokuz Eylül Üniversitesi’nde İnşaat Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Makina Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Jeofizik Mühendisliği, Mimarlık, Şehir ve Bölge Planlama Bölümlerinden oluşmak üzere eğitim vermeye devam etmiştir. 1992 yılında Mimarlık ile Şehir ve Bölge Planlama Bölümlerinin ayrılıp, yeni kurulan Mimarlık Fakültesi’ne bağlanması sonucu Mühendislik Fakültesi adını almıştır.

Fakülte bünyesinde Bilgisayar Mühendisliği Bölümünün 1994,Tekstil Mühendisliği Bölümünün 1997, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümünün 1997, Havacılık ve Uzak Mühendisliği Bölümünün 2021 yılında kurulmasıyla toplam on iki bölümden oluşan bugünkü yapısına ulaşmıştır. 1992-93 öğretim yılında, İnşaat Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Makina Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği ve Jeoloji Mühendisliği bölümlerimizde ikinci öğretim programlarında eğitim verilmeye başlanmış olup halen Makine Mühendisliği ve İnşaat Mühendisliği Bölümleri ikinci öğretim programlarını sürdürmektedir. Bilgisayar Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Elektrik-elektronik Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Makina Mühendisliği, Metalürji ve Malzeme Mühendisliği, Tekstil Mühendisliği Bölümlerinin Lisans Eğitim Programları Mühendislik Eğitim Programları Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği (MÜDEK) tarafından akredite edilmiştir.